王文远走的是“上医治未病”路线，遵循的是“为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平”的民族文化精神。在他心目中，中医是人类最伟大的智慧，它和书法、京剧一样是中华民族的国粹，书法、京剧增进人的内心修养，陶冶人的情操，而中医的伟大在于她和中华民族的繁衍生息与繁荣昌盛紧密联系在一起。在古代中国，医儒不分，中医是人文科学与自然科学的融汇与交叉，既有人文科学的内涵，又有与医学密切相关的内容。在世界传统医学发展史上，只有中国传统医学（中医学）源远流长，博大精深，以显著的疗效、浓郁的民族特色、独特的诊疗方法、系统的理论体系、浩瀚的文献史料，屹立于世界医学之林，成为人类医学宝库的共同财富，历数千年而不衰，显示了自身强大的生命力和创造力。王文远说，中医发源于中国，中医的传承、创新和发扬光大不能靠外国人，而只能靠我们自己。出生于齐鲁文化之帮的王文远自幼酷爱中医，６０年代响应国家振兴中医的号召，１６岁便启蒙于鲁南名医刘春启门下，通读中医四部经典及１０余部中医专科书籍。１９６４年王文远应征入伍，1975年考入石家庄白求恩军医学院，系统地学习了现代医学理论和技术。实践和需求是创新的源泉。在部队，官兵最常见的病痛是战伤和训练伤，军医学要求在最快的情况下为伤员解决问题，又不影响部队的战斗力，以见效慢的中医常常没有用武之地。环境的变化没有使王文远放弃对中医学的热爱和追求，他为了找到能快速见效的中医方法，将目光投向了简、便、效、廉等优点的针灸。１９７０年，王文远在随部队医疗队到雾灵山区采药时发现，当地农民由于砍柴、运货，常年背篓不离身，很多人患有严重的肩周炎，苦不堪言。王文远用传统针灸为他们治疗均不见效，他对传统的中医经络取穴法产生了疑问，决定另辟蹊径。他经过多次实验惊奇地发现，肩周炎最敏感的穴位不在传统的中医经络穴上，而是在西医解剖学确定的神经干上！又经过艰苦的临床实践，他找到了治疗肩周炎的一个特定穴位，用此穴只需扎一针３秒钟，就能使患者疼痛顿消，臂膀活动自如。此后，他将中医的心神调控学说与西医的神经调控学说结合起来研究，又陆续在人体四肢及头部找到了３０多个全新的具有整体平衡作用的穴位。经过科研立项、动物实验和临床实践，这些穴位对治疗颈椎病、糖尿病、腰椎间盘突出、脑血栓后遗症等１３６种疾病，均有奇特的疗效。至此，王文远利用大脑高级中枢系统的调控参与，成功地创立了中国平衡针灸学，形成了针灸与心理—生理—社会—自然相适应的整体医学调节模式，突破了传统经络与穴位，以针刺为主，成功地探索了大脑皮层反馈在体表的密码定位，由原来的４１３个穴位精减到３８个平衡穴位，从而改写几千年中医史。
王文远认为，对一个人来说，核心的问题是心神，心和大脑联系在一起。人内心的喜怒哀乐等情绪反映在大脑，人的疾病也必然反映在大脑。大脑的营养供应靠心脏来保证，人体血液的四分之一供应大脑，但它的重量却不到人体的十分之一。如果心脏发生问题，再聪明的大脑也完了，同样，如果大脑出了问题，也就是管理心脏的中枢发生了问题，它们是一个有机的整体。传统中医理论强调阴阳决定人的健康和死亡，阴阳平衡是是对自然界相互关联的某个事物或现象及人的机体相互对应、相互统一、保持相对平衡的高度概括。因此阴阳是信息，是物质，是能量，是功能，是矛盾，是整体，.是平衡。从现代医学讲，阴阳的生理平衡是在大脑中枢调控系统作用下，通过大脑皮层及皮层下中枢、下丘脑体内交感中枢（阳）及副交感中枢（阴）系统完成对机体的调节管制作用。相反，大脑中枢调控系统平衡失调，造成子系统的平衡失调，甚至破坏，发展为阴阳失调的病理过程。平衡医学的最大理论创新在什么地方？几千年来，我国临床、教学、科研沿用的都是中医经络体系的413个穴位，平衡针灸与医学改变了这一体系，王文远提出3大创新：首先是治病穴位的创新，他利用人体本身的平衡系统，以针刺周围神经来调节大脑高级中枢神经，间接地依靠病人自己来调节、修复、治疗自己的疾病。王文远把对病人的治疗定位在大脑，治疗大脑的病，而不是治疗局部。王文远说，人自身存在着平衡系统和修复动功能，人一生下来，他的生化、心跳等程序已经制定好了，有些病通过人体的功能，让失调的平衡系统恢复正常。第二个创新是对疾病的定位。王文远提出不直接治疗疾病的地方，而是治疗与疾病有关的大脑的穴位。如脑血栓、糖尿病，生病的肢体没什么问题，而是管肢体的大脑出了问题。第三个创新是对病因的定位。王文远提出引起疾病的病因是在大脑的中枢适用系统，这个系统能不能适应生存环境（社会、自然、家庭），适应生存环境，心理就健康，否则就不健康，大脑就出了问题。
王文远在提出平衡针灸与医学3大理论创新的同时，又创立了3大临床创新。第一，取穴点的创新，采取定位取穴，交叉对应取穴的原则，改变了传统针灸循经取穴、辨证取穴的原则以及中医和西医相同的头痛医头、脚痛医脚的方法。定位取穴指针对某一病变的部位来选取特定穴位，通过针刺特定部位的特定穴位达到治疗另一部位疾病；交叉取穴指左右上下交叉取穴，上肢的病变取下肢的相应穴位治疗，下肢的病变取上肢的相应穴位治疗；对应取穴指前后、左右、上下对应的取穴原则。比如头痛的穴位在脚上，脚痛的穴位在手上耳聋穴在大腿上，由常见病延伸到疑难病的治疗。第二、取穴少，采取单穴疗法，即一病一穴，一症一穴，80% 以上的病症均可采用一个穴位。平衡针灸不是直接去治疗患者的疾病，而是利用一种人为的外因刺激手段间接依靠患者自身不断修复和完善，恢复患者机体内的平衡系统去治疗自己的疾病。平衡针灸取穴38个平衡穴位，不足传统穴位的1/10。第三、只用一颗针或按神经点穴的指针来治疗，扎的是神经节断、密码定位，扎了以后使密码解密，这是临床的重大创新。